Troszkę się naszukałam, więc rozpropaguję.
Jeśli chodzi o tworzenie nowych modułów w Zend Framework 2 z a pomocą ZFTool nie działało mi (Windows 7)
php zf.php create module NazwaModulu SciezkaAplikacji
Zamiast tego lepiej użyc:
php vendor/zendframework/zftool/zf.php create module NazwaModulu
będąc w katalogu z aplikacją.