Troszkę się naszukałam, więc rozpropaguję.

Jeśli chodzi o tworzenie nowych modułów w Zend Framework 2 z a pomocą ZFTool nie działało mi (Windows 7)

php zf.php create module NazwaModulu SciezkaAplikacji

Zamiast tego lepiej użyc:

php vendor/zendframework/zftool/zf.php create module NazwaModulu

będąc w katalogu z aplikacją.